Charles Guillemot

Formalisation de Systèmes d’Informations dédiés à l’Imagerie Microscopique Multidimensionnelle

Financement :

Thèse financée par la région Alsace pour une durée de 3 ans.

Direction :

* Professeur Michel Hassenforder
MIPS/ENSISA, 12 rue des frères Lumière, F-68093 Mulhouse Cedex – Tél.: 03 89 33 69 70
* Frédéric Fondement
MIPS/ENSISA, 12 rue des frères Lumière, F-68093 Mulhouse Cedex – Tél.: 03 89 33 69 78

Collaborations :

* Professeur Alain Dieterlen
IUT de Mulhouse, 61 rue Albert Camus, F-68093 Mulhouse Cedex – Tél.: 03 89 33 76 60
* Professeur Jean Philippe Urban
FST de Mulhouse, 4 rue des Frères Lumière, F-68093 Mulhouse Cedex – Tél.: 03 89 33 64 32

Environnement :

Ce travail s’inscrit dans le cadre du projet IMMSI (Imagerie Microscopique Multidimensionnelle et systèmes d’informations), projet pluridisciplinaire qui regroupe l’ensemble des thèmes du laboratoire (génie logiciel, traitement du signal et de l’image et automatique) autour de la problématique de la microscopie multidimensionnelle.

Contexte :

Les systèmes d’imagerie microscopique multidimensionnelle (IMM) modernes sont des systèmes de traitement d’images complexes. Afin d’obtenir une reproductibilité des expériences et des résultats d’analyse, il est indispensable d’intégrer l’ensemble des fonctions utilisées lors d’une campagne de mesures au sein d’un Système d’Informations (SI) spécifique et performant. Ce SI doit proposer d’étiqueter (métadonnées) l’ensemble des opérations nécessaires à l’obtention d’un résultat reproductible à partir des données initiales (images, conditions, protocole opératoire, chaîne de traitements,…).

Problématique :

Le domaine de l’IMM est un domaine métier définissable possédant une ontologie propre à ce domaine (métamodèle) qu’il est possible de formaliser. L’obtention d’un SI performant repose alors sur la modélisation de ce domaine métier spécifique, il devient une cible idéale pour l’étude et la mise en œuvre de processus automatiques et automatisés. Ainsi, il devrait être possible à partir d’une spécification de haut niveau de déduire automatiquement la chaîne de traitement spécifique (couramment dénommée « workflow » scientifique) qu’il faut appliquer pour obtenir une image résultat à partir des données initiales.

Objectif :

L’objectif de ce travail est d’une part de formaliser la partie workflow scientifique de l’IMM en déterminant un métamodèle spécifique à ce domaine et d’autre part, en s’appuyant sur les mécanismes de transformation proposés par l’Ingénierie Dirigée par les Modèles de proposer une première implantation sur une technologie connue.
Par ailleurs, le SI doit également être modélisé à travers un metamodèle adapté qui devrait être déterminé lors de ce travail. Ainsi, chaque artefact (dispositifs d’entrées, conditions opératoires, calculs, etc…) intervenant dans l’élaboration d’une chaîne de traitement sera identifié et caractérisé selon ce métamodèle. Le gain est une très grande connaissance des éléments entrants dans un traitement et ainsi il devient possible d’obtenir de façon répétable des résultats fiables.

Ce projet s’adosse sur les travaux concernant la formulation d’applications de traitement d’images [1][2][3][4] au sens général et il devra identifier les particularités du domaine de la microscopie multidimensionnelle et la pertinence du concept des systèmes de workflows dans ce domaine. Ce travail d’étude sera complété par une production de modèles métier (ou métamodèles) du domaine de l’IMM dans un formalisme exploitable par les standards actuels de l’Ingénierie Dirigée par les Modèles [5].

Références